自1996年实现商业化种植以来，转基因可能是农业史上最有争议的技术。支持者认为转基因技术能缓解资源约束、保护生态环境、改善产品品质；反对者则从食物安全、生态安全和知识产权安全等方面提出质疑。

　　首先，转基因食物是否安全？中国科学院遗传发育研究所朱祯研究员认为，吃含有转基因的食品将会改变人类遗传特性的担心是毫无科学依据的。从长远来讲，转基因食品跟常规育种得到的食品一样，并没有产生有别于其他食品新的不可预期的问题。

　　世界卫生组织在2007年《关于转基因食品的20个问题》文件中则谨慎地说：“目前在国际市场上可获得的转基因食品已通过风险评估，并且可能不会对人类健康产生危险。”

　　“现阶段没有问题，不意味着以后就没有问题，研究是在不断深入的。比如苏丹红，原来是可以用的，后来研究出有可能致癌就不能用了。并且现在转基因技术也是五花八门，基因也是各种各样，潜在的风险难以预料。”王俊平说。

　　其次，转基因技术是否威胁生态安全？在农业部转基因生物安全委员会委员林敏等生物学家看来，转基因技术是现代生物技术的核心，拓宽了可利用基因的来源，实现了育种工作的可预期性，精准、可控、高效，大大节约了人力、物力和时间，是生物育种的技术革命。

　　“但是，现在还没有人敢说转基因技术对生态没有影响。”农业政策专家、南开大学周恩来政府管理学院博士生导师程同顺说。

　　天津科技大学食品专家王芳指出，抗虫作物可能会使食物链中断，而昆虫在进化过程中，可能会产生对毒性蛋白的抵抗能力，出现所谓“超级害虫”。“美国环境保护局规定，在种植抗虫害转基因作物的田地周围，必须保留一块专门种植普通作物，让害虫有个避难所。”

　　第三，知识产权的安全性如何保障？程同顺认为，转基因食品涉及种子转基因专利权，而我国还缺乏相应的知识产权，大批量商业化种植存在风险，因为一旦用转基因种子后，想恢复到过去传统的种植都很难，短时间内不可能培育那么多种子。

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